Histoire de varier les plaisirs dans Prey, le joueur pourra profiter de 24 améliorations humaines, de 20 pouvoirs aliens et d'un petit arsenal pour faire un maximum de dégâts. Autant dire que les extraterrestres vont se faire botter les fesses, d'autant que le joueur aura accès à trois arbres de compétences aliens distincts basés sur les pouvoirs Typhon.
Bethesda Softworks donne même un petit exemple : "en choisissant d’améliorer les pouvoirs aliens de Morgan, les tourelles de la station le verront comme un ennemi et il sera pris en grippe par le Cauchemar Typhon. Tout sera donc une question de choix et chacune des décisions prises par le joueur aura une incidence sur le jeu lui-même".